在免疫過氧化物酶染色期間，已在組織切片中觀察到內源性過氧化物酶活性。如果沒有得到適當的抑制，內源性過氧化物酶會在免疫染色過程中產生錯誤信號和高背景。在應用一抗之前用過氧化物酶阻滯劑處理組織切片會抑制內源性過氧化物酶活性。